深海科學研究部下設深海生物學研究室、深海地質與地球化學研究室、深海地球物理與資源研究室、海洋環流觀測與數值模擬研究室、深海極端環境模擬研究實驗室、地外海洋系統研究室、海洋哺乳動物與海洋生物聲學研究室和分析測試中心。主要關注深海地球科學領域與地外海洋領域相關的重大科學問題，開展國際深潛科學研究，破解深海/深淵生命、環境及地質演化之謎。同時，致力于推動海洋珍稀生物、海洋生態保護與海洋文化建設，發展深海原位地球化學探測、原位實驗技術與極端環境模擬實驗技術。通過深海科學研究與工程技術的有機結合，挑戰海洋領域前沿科學問題。
主任：杜夢然
????副主任：張維佳、陳傳緒?
主任助理：蔡珊雅?
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